A Igreja foi legalmente reconhecida em Moçambique no ano 1996. O primeiro ramo (uma congregação pequena) é organizado em Maputo, a capital do país. Em Janeiro de 1999, um segundo ramo foi organizado na cidade da Beira.
Antes da obtenção do reconhecimento legal da Igreja, a população de Moçambique beneficia da ajuda humanitária da Igreja. Em 1992, uma terrível seca, a pior dos últimos 100 anos, causou grande sofrimento no país e nos países vizinhos. A Igreja doa comida e artigos de auxílio no valor de um milhão e meio de euros às vítimas da seca nas referidas áreas.
Em Junho de 1999 os primeiros missionários chegam a Moçambique. O primeiro missionário moçambicano foi chamado em Dezembro de 1999. Em 2002, mais de 20 missionários moçambicanos haviam sido chamados, alguns para servir no seu próprio país, outros noutros países. As classes de Seminário e Institutos (um programa de educação religiosa para os jovens) começam no final da década de 1990
A 13 de Abril de 2003, o distrito da Beira Moçambique, o primeiro do país, é organizado.
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