Várias famílias americanas membros da Igreja viveram separadas umas das outras no Lesoto, durante a década de 1980. Em Julho de 1988, numa reunião a que assistiram quinze pessoas, o ramo (pequena congregação) de Maseru é organizado na casa de uma dessas famílias. Em Julho de 1989 a Igreja obtém o reconhecimento legal e o primeiro casal missionário chega ao país em Setembro. Com o crescimento do ramo, um local para reuniões foi alugado numa escola local. Mais tarde adquiriu-se uma casa que viria a ser remodelado para funcionar com uma capela.
O programa do Seminário para os jovens dos 14 aos 18 anos começa a funcionar no país a partir de 1991. O primeiro missionário de tempo integral natural do Lesoto começa a servir na missão de Durban, na África do Sul, em 1993.
A 18 de Fevereiro de 1996, membros do Lesoto estavam entre os cinco mil membros que assistiram a uma Conferência Regional em Joanesburgo - a maior reunião de membros até então realizada na África do Sul.
