Nascido na Hungria, Mischa Markow foi um proeminente missionário pioneiro nos Balcãs. Enquanto trabalhava em Constantinopla, conheceu Argir Dimitrov, um búlgaro que tinha começado a investigar a Igreja. Markow convidou Dimitrov para juntos fazerem proselitismo na Roménia. Durante a estada na Roménia, Dimitrov converte-se e é baptizado por Markow em Julho de 1899. Dimitrov foi provavelmente o primeiro converso búlgaro e seguramente o primeiro missionário búlgaro.
Markow visita a Bulgária no verão de 1900, registando-se na polícia local, tendo-lhe sido dada autorização para pregar. Alguns ministros religiosos deixam que ele se dirija às suas congregações. Pouco depois já estava a ser questionado por um ministro protestante que tinha pago a publicação de alguns anúncios em jornais informando as pessoas para não assistirem aos sermões de Markow. O resultado desses anúncios foram reuniões a transbordar de gente e de entusiasmo. Uns grupos de representantes religiosos ficam apreensivos por causa da popularidade de Markow. Prendem-no sob a acusação de ter falsificado o seu formulário de registo na polícia, ao se identificar como um ministro de A Igreja de Jesus Cristo dos Santos dos Últimos Dias em vez de o ter feito como um ministro Mórmon. Apesar dos muitos apelos apresentados, Markow acaba por ser expulso do país
O Elder Russell M. Nelson do Quórum dos Doze (o segundo órgão de governo mais alto da Igreja) e o Elder Hans B. Ringger dos Setenta (outro órgão de governo da Igreja) reúnem-se com os líderes da Bulgária em 1988, esperando por uma oportunidade para poder organizar a Igreja no País. Os seus esforços não foram correspondidos por causa das políticas existentes que impediam o estabelecimento de novos grupos religiosos. O Elder Nelson e o Elder Ringger retornam em Fevereiro de 1990, depois da queda do regime comunista tendo sido cordialmente recebidos pelos representantes do novo governo.
Em Setembro de 1990, seis missionários sob a direcção da Missão Áustria Viena Leste entram no país – Morris e Anneta Mower. Delbert e Marilyn Fowler, Judy Gubler e Rose Maria Daigle. Estes seis missionários começam a ensinar classes de Inglês.
Em Novembro de 1990 juntam-se a eles os Elderes Jon Trent Warner e David Garner, que tinham trabalhado na Jugoslávia e os Elderes Christian Elggren e Timothy Kuta, transferido da Missão Alemanha Frankfurt. Estes missionários também apoiam as classes de Inglês e participam em diversas iniciativas de caridade até que as alterações nas leis do país lhes permitem começar a ensinar o evangelho.
A primeira reunião de adoração tem lugar no dia 7 de Outubro de 1990, no apartamento do casal Mower. A primeira reunião oficial da Igreja é realizada numa sala alugada. Em Novembro de 1990. Emil e Diana Christov, juntos com os seus filhos Rumen e Evgeny, Ventsislav e Mireal Lazarov são baptizados, os primeiros baptismos de que há registo na Bulgária.
No dia 1 de Julho de 1991, a Missão Bulgária Sofia é criada, com um natural da Bulgária, Kiril P. Kiriakov, como Presidente. Kiriakov, a sua mulher Nevenka e os seus filhos Julia e Peter, haviam saído da Bulgária comunista, mudando-se para a Argélia em 1963, sob direcção do governo, tendo depois fugido para França, em Junho de 1965, onde viriam a receber asilo político. Enquanto vivem em Rennes, conhecem os missionários da Igreja e são baptizados em Junho de 1966, tendo depois emigrado para os Estados Unidos em 1969. Em Abril de 1991, o chamado para servir como Presidente da missão na Bulgária é realizado por Thomas S. Monson.
Em Julho de 1991, os ramos (pequenas congregações) de Mladost e Sofia Central são organizados na capital Sofia. Nove dias depois, a 10 de Julho de 1991, a Igreja é formalmente reconhecida pelo governo da Bulgária. Em 1993, pediatras, oftalmologistas, especialistas em audição e outras especialidades, sob a direcção da Presidência da Área da Europa e dos Serviços Humanitários da Igreja vão para a Bulgária para ajudar a formar médicos e enfermeiros a melhorarem a prestação de cuidados de saúde às crianças.
O rápido crescimento do número de membros da Igreja na capital Sofia, fez com que fosse necessário criarem-se mais 6 ramos, entre Novembro de 1991 e Novembro de 1992. No início da década de 1990, são também organizados ramos noutras cidades Búlgaras, como Burgas, Varna, Shumen, Ruse, Veliko Turnovo, Blagoevgrad e Dobrich.
A primeira estrutura construída de raiz pela Igreja, um edifício que inclui uma capela, escritórios da Missão Bulgária Sofia e uma residência para o Presidente de Missão e família, é dedicada em Sofia, no mês de Junho de 2000. No dia anterior, tinha-se dado a cerimónia da primeira pedra de uma segunda capela na Bulgária, em Plovdiv.